基础研究
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世界华人消化杂志. 2006-04-28; 14(12): 1156-1160
Published online 2006-04-28. doi: 10.11569/wcjd.v14.i12.1156
Barrett食管和食管腺癌的基因表达谱研究
陈威震, 王雯
陈威震, 王雯, 南京军区福州总医院消化内科 福建省福州市 350025
陈威震, 2003年南方医科大学硕士生, 主要从事胃肠动力障碍性疾病的研究.
通讯作者: 王雯, 350025, 福建省福州市, 南京军区福州总医院消化内科. wangw68@yahoo.com
电话: 0591-83727698
收稿日期: 2006-04-07
修回日期: 2006-04-15
接受日期: 2006-04-22
在线出版日期: 2006-04-28
Abstract

目的: 研究Barrett食管(BE)和食管腺癌的基因表达谱, 筛查与食管腺癌相关的基因.

方法: 使用Dchip软件对已经在GEO数据库中公开的BE和食管腺癌Affymetrix芯片表达谱数据进行分析. 还原扫描图像进行独立核验, 并对基因和组织进行双向聚类, 最后用配对t检验筛查出在BE和食管腺癌中表达水平都发生变化的基因, 并进一步分析其功能.

结果: 24张Affymetrix芯片的杂交质量稳定, 被污染和发生交叉杂交的探针簇都少于5%. 对基因和样本的双向聚类表明, 大部分组织分类正确. 只有N8和A5位于错误的组织类型中. 对其余22张芯片再次分别进行配对t检验, 得到24个基因. 其中表达水平呈进行性上升的5个, 呈进行性下降的19个. 新检出的PITX1已在稍前不久的另一项研究中得到证实.

结论: 用新的分析方法研究已公开的表达谱芯片资料为研究肿瘤的发病机制提供了新的手段.

Keywords: Barrett食管; 食管腺癌; 表达谱