Detection of YMDD mutants using universal template real-time PCR

Table 1 Primers and probe used in universal RT-PCR

Primers or probe	Sequence
Reverse primers
Reaction V	5’-CCCCCAATACCACATCATCC-3’
Reaction I	5’-CCCCCAATACCACATCATCA-3’
Reaction C	5’-CCCCCAATACCACATCATC-3’
Forward primers	5’-tgaggagcacgagacggaagtATACAA CACCTGTATTCCCATCCCAT-3’
Probe	5’-FAM ACTTCCGTCTCGTGCTCCTCA TAMRA-3’

Table 2 Comparison of results obtained by real-time PCR and sequencing

Samples	HBV DNA(Copies/mL)	Result of UT-PCR	Result of sequencing
1	2.49 × 105	YMDD	5′ -TATATGGATGAT-3′
2	4.73 × 107	YIDD	5′ -TATATTGATGAT-3′
3	6.10 × 103	YMDD	5′ -TATATGGATGAT-3′
4	6.24 × 106	YIDD	5′ -TATATTGATGAT-3′
5	2.98 × 109	YIDD	5′ -TATATTGATGAT-3′
6	8.13 × 106	YMDD	5′ -TATATGGATGAT-3′
7	1.35 × 104	YMDD	5′ -TATATGGATGAT-3′
8	3.57 × 103	YMDD	5′ -TATATGGATGAT-3′
9	2.74 × 106	YVDD	5′ -TATGTGGATGAT-3′
10	9.10 × 104	YVDD	5′ -TATGTGGATGAT-3′
11	7.02 × 104	YMDD	5′ -TATATGGATGAT-3′
12	5.18 × 105	YMDD	5′ -TATATGGATGAT-3′
13	3.51 × 103	YMDD	5′ -TATATGGATGAT-3′
14	8.04 × 104	YMDD	5′ -TATATGGATGAT-3′
15	4.29 × 106	YMDD	5′ -TATATGGATGAT-3′