Barrett食管和食管腺癌的基因表达谱研究

表1 芯片扫描图像的质量核验

芯片名	芯片代号总荧光强度(未标准化)	基因表达率(%)	芯片污染率(%)	探针交叉杂交率(%)
GSM23385	N11	248	57.5	0.381	0.083
GSM23386	N2	213	58.1	0.229	0.048
GSM23387	N3	210	53	0.09	0.027
GSM23388	N4	213	46.5	0.233	0.086
GSM23389	N5	182	58.9	0.211	0.048
GSM23390	N6	256	59.7	0.117	0.1
GSM23391	N7	188	57.8	0.978	0.213
GSM23392	N8	207	62.8	4.434	0.173
GSM23395	B12	285	63.5	0.372	0.052
GSM23396	B2	301	63	0.736	0.204
GSM23397	B3	254	59.1	0.13	0.056
GSM23398	B4	199	57.6	0.969	0.249
GSM23399	B5	189	62.2	1.135	0.289
GSM23400	B6	142	57.7	2.899	0.127
GSM23401	B7	270	60.3	0.224	0.07
GSM23402	B8	226	60.8	0.355	0.14
GSM23413	A13	235	56.6	1.243	0.358
GSM23417	A2	191	61	2.634	0.199
GSM23419	A3	173	60.8	0.628	0.079
GSM23422	A4	239	64	1.019	0.16
GSM23424	A5	183	60.5	0.233	0.107
GSM23425	A6	265	64.6	1.71	0.284
GSM23426	A7	152	58	2.405	0.231
GSM23427	A8	225	62.4	0.772	0.055

N¹: 正常食管鳞状上皮; B²: Barrett食管; A³: 食管腺癌.

表2 在Barrett食管和食管腺癌表达水平都有变化的基因

探针簇	基因	BE/正常组织a	食管腺癌/BEb
204942_s_at	ALDH3B2	-2.36	-6.48
219100_at	OBFC1	-1.96	-1.98
219165_at	PDLIM2	-1.92	-2.38
208502_s_at	PITX1	-1.85	-5.56
201118_at	PGD	-1.83	-3.81
219764_at	FZD10	-1.8	-3.17
220569_at	PRO1728	-1.7	-2.33
215367_at	KIAA1614	-1.68	-2.63
220339_s_at	TPSG1	-1.68	-2.73
221295_at	CIDEA	-1.68	-1.89
202575_at	CRABP2	-1.66	-7.81
219090_at	SLC24A3	-1.65	-2.22
201851_at	SH3GL1	-1.59	-1.71
209679_s_at	LOC57228	-1.51	-2.06
211667_x_at	V-J-C	-1.5	-1.71
202096_s_at	BZRP	-1.47	-1.81
212965_at	HIC2	-1.46	-1.78
221113_s_at	WNT16	-1.45	-1.48
216591_s_at	SDHC	-1.41	-1.54
200039_s_at	PSMB2	1.4	1.44
218053_at	PRPF40A	1.74	1.75
201954_at	ARPC1B	1.99	1.6
208998_at	UCP2	2.45	1.98
202185_at	PLOD3	2.86	1.96

^aP<0.01,

^bP<0.01.