研究快报
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世界华人消化杂志. 2013-05-08; 21(13): 1218-1225
Published online 2013-05-08. doi: 10.11569/wcjd.v21.i13.1218
胰腺癌干细胞差异基因的表达及生物信息学分析
江建新, 高珊, 王敏, 李旭, 孙诚谊
江建新, 孙诚谊, 贵阳医学院附属医院肝胆外科 贵州省贵阳市 550001
高珊, 贵阳医学院附属医院消化内科 贵州省贵阳市 550001
王敏, 李旭, 华中科技大学同济医学院附属同济医院胆胰外科中心 湖北省武汉市 430030
江建新, 副主任医师, 主要从事肝胆胰脾疾病的基础与临床研究.
基金项目: 国家自然科学基金资助项目, No. 81160311; 贵州省科技厅贵阳医学院社发联合基金资助项目, No. 黔科合[2010]3171; 贵阳市科技局基金资助项目, No. 筑科合[2011103] 22号; 贵州省肝胰疾病研究科技创新人才团队项目基金资助项目, No. 黔科合人才团队[2010]4010.
作者贡献分布: 主要实验、资料分析、统计及文章撰写由江建新完成; 研究设计、文章修改及审阅由孙诚谊完成; 资料分析、样本处理及生物信息学分析由王敏、李旭及高珊完成.
通讯作者: 孙诚谊, 教授, 550001, 贵州省贵阳市贵医街28号, 贵阳医学院附属医院肝胆外科. chengyisun@medmail.com.cn
电话: 0851-6773083
收稿日期: 2013-01-07
修回日期: 2013-04-01
接受日期: 2013-04-12
在线出版日期: 2013-05-08
Abstract

目的: 筛选与胰腺癌干细胞相关的差异表达基因, 并进行生物信息学分析.

方法: 以MIA-PaCa2(TIChigh)与BxPc-3(TIClow)为研究胰腺癌干细胞的工具细胞制备总RNA, 经质量鉴定后进行荧光标记; 采用Agilent人全基因4*44K芯片进行杂交实验, 获得mRNA表达谱; 以Gene Spring Software 11.0软件和Quantile算法分析芯片实验数据, 筛选与胰腺癌干细胞相关的差异mRNAs; 基于Gene Ontology数据库进行GO注释, 基于KEGG数据库进行Pathway注释.

结果: 获得符合基因芯片实验质量标准的RNA样品, 基因芯片杂交及数据分析得到差异表达mRNAs 7059个(P<0.05, fold change≥2), 其中MIA-PaCa2(TIChigh)中上调表达3440个, 下调表达3619个. GO注释显示他们主要涉及多胺代谢过程、含碱基的小分子相互转换、组蛋白H4乙酰化、细胞分裂、细胞周期、凋亡、Toll样受体信号转导通路等. Pathway注释主要涉及癌症的途径、内吞作用、O-糖基化生物合成、嘧啶代谢、谷胱甘肽代谢等. 信号通路调控网络图显示多条信号通路存在交叉对话.

结论: 筛选出的差异表达基因可能参与胰腺癌干细胞的发生发展, 参与不同信号通路的调控, 并有可能成为胰腺癌新的治疗靶点.

Keywords: 胰腺癌; 干细胞; 基因芯片; 生物学信息

核心提示: 本文通过通路分析, 发现差异表达的基因显著性影响许多信号通路, 特别是涉及癌症的途径、嘧啶代谢. 通过信号通路调控网络图分析, 显示上述信号通路存在交叉对话, 这有可能从整体角度揭示胰腺癌干细胞的发生与调控机制.