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世界华人消化杂志. 2012-12-08; 20(34): 3354-3360
Published online 2012-12-08. doi: 10.11569/wcjd.v20.i34.3354
Published online 2012-12-08. doi: 10.11569/wcjd.v20.i34.3354
胰腺癌干细胞差异microRNAs的表达及生物信息学
江建新, 孙诚谊, 贵阳医学院附属医院肝胆外科 贵州省贵阳市 550001
高珊, 贵阳医学院附属医院消化内科 贵州省贵阳市 550001
王敏, 李旭, 华中科技大学同济医学院附属同济医院胆胰外科中心 湖北省武汉市 430030
江建新, 副主任医师, 主要从事肝胆胰脾疾病的基础与临床研究.
基金项目: 国家自然科学基金资助项目, No. 81160311; 贵州省科技厅贵阳医学院社发联合基金资助项目, No. 黔科合[2010]3171; 贵阳市科技局基金资助项目, No. 筑科合[2011103]22号; 贵州省肝胰疾病研究科技创新人才团队基金资助项目, No. 黔科合人才团队[2010]4010.
作者贡献分布: 主要实验、资料分析、统计及文章撰写由江建新完成; 研究设计、文章修改及审阅由孙诚谊完成; 资料分析、样本处理及生物信息学分析由王敏、李旭及高珊完成.
通讯作者: 孙诚谊, 教授, 550001, 贵州省贵阳市贵医街28号, 贵阳医学院附属医院肝胆外科. chengyisun@medmail.com.cn
电话: 0851-6773083
收稿日期: 2012-09-13
修回日期: 2012-11-11
接受日期: 2012-11-23
在线出版日期: 2012-12-08
修回日期: 2012-11-11
接受日期: 2012-11-23
在线出版日期: 2012-12-08
Abstract
目的: 筛选与胰腺癌干细胞相关的差异表达miRNAs, 并进行生物信息学分析.
方法: 以MIA-PaCa2(TIChigh)与BxPc-3(TIClow)为研究胰腺癌干细胞的工具细胞制备总RNA, 经质量鉴定后进行荧光标记; 采用Agilent人类miRNA芯片进行杂交实验, 获得miRNA表达谱; 以Gene Spring Software 11.0软件和Quantile算法分析芯片实验数据, 筛选与胰腺癌干细胞相关的差异miRNAs; 荧光定量PCR验证部分差异表达miRNAs; 基于Sanger数据库预测差异miRNA靶基因, 基于Gene Ontology数据库进行GO注释, 基于KEGG数据库进行Pathway注释.
结果: 获得符合基因芯片实验质量标准的RNA样品, 基因芯片杂交及数据分析共鉴定到940个miRNAs, 得到91个差异表达miRNAs(P<0.05, fold change≥2), 其中MIA-PaCa2(TIChigh)中下调表达45个, 上调表达46个. 荧光定量PCR验证21条差异miRNAs, 其中19条均与芯片结果相符. TargetScan 6.0数据库靶基因预测共得到2 895条靶基因, GO注释显示他们主要涉及轴突导向、血管生成、转录后蛋白修饰等功能. Pathway注释显示主要涉及癌症途径、细胞-基质黏附途径、Hedgehog信号途径、MAPK信号途径等信号通路.
结论: 筛选出的胰腺癌干细胞相关差异表达miRNAs调控多种具有不同细胞功能和参与不同信号通路的基因, 有可能成为胰腺癌新的治疗靶点.
Keywords: 胰腺癌; 干细胞; microRNA; 生物学信息