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世界华人消化杂志. 2011-11-28; 19(33): 3446-3451
Published online 2011-11-28. doi: 10.11569/wcjd.v19.i33.3446
Published online 2011-11-28. doi: 10.11569/wcjd.v19.i33.3446
中国幽门螺杆菌强细胞毒株和弱细胞毒株vacA基因全长序列特征与VacA活性的关系
杨泽民, 广东药学院基础学院 广东省广州市 510006
基金项目: 国家自然科学基金资助项目, No. 81102703.
作者贡献分布: 本文的试验设计、数据分析和论文写作都由杨泽民一人完成.
通讯作者: 杨泽民, 实验师, 510006, 广东省广州市, 广东药学院基础学院. yzm3102001@yahoo.com.cn
电话: 020-39352192
收稿日期: 2011-09-06
修回日期: 2011-10-20
接受日期: 2011-11-04
在线出版日期: 2011-11-28
修回日期: 2011-10-20
接受日期: 2011-11-04
在线出版日期: 2011-11-28
Abstract
目的: 探讨中国幽门螺杆菌(Helicobacter pylori, H. pylori)强细胞毒株和弱细胞毒株vacA基因序列差异对其VacA活性的影响.
方法: 从GenBank数据库下载4个强细胞毒株和4个弱细胞毒株vacA基因全长DNA和氨基酸序列, 利用DNAMAN、lasergene 7.0、MEGA 5.0 3个生物信息学软件对其进行分析.
结果: (1)中国H. pylori强细胞毒株、弱细胞毒株和西方强细胞毒株60190株3者之间在vacA基因序列上都存在明显的差异, 这些差异主要集中在vacA基因p55结构域, 表现为疏水性氨基酸与极性氨基酸之间的转换; (2)弱细胞毒株还存在多个插入变异位点; (3)强细胞毒株和弱细胞毒株, 中国和西方分离株在系统发育树中分别聚类为不同的谱系.
结论: vacA基因序列差异和插入突变可能是导致中国不同H. pylori VacA活性差异的重要原因.
Keywords: 幽门螺杆菌; vacA基因; DNA序列; 氨基酸序列; 系统发育树