基础研究
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世界华人消化杂志. 2005-04-01; 13(7): 867-870
Published online 2005-04-01. doi: 10.11569/wcjd.v13.i7.867
幽门螺杆菌oipA基因的克隆及其生物信息学分析
陈阳, 李健峰, 姬秋彦, 闫玲梅, 龙海亭, 徐维明
陈阳, 李健峰, 姬秋彦, 闫玲梅, 龙海亭, 徐维明, 中国医学科学院中国协和医科大学医学生物学研究所 云南省昆明市 650118
陈阳, 男, 1979-09-02生, 广东海丰人, 汉族. 中国医学科学院中国协和医科大学2002级硕士生.
通讯作者: 徐维明, 650118, 云南省昆明市茭菱路379号, 中国医学科学院中国协和医科大学医学生物学研究所. xuwm@imbcams.com.cn
电话: 0871-8334579 传真: 0871-8335702
收稿日期: 2004-12-31
修回日期: 2005-01-28
接受日期: 2005-02-02
在线出版日期: 2005-04-01
Abstract

目的: 克隆幽门螺杆菌(Helicobacter pylori, H. pylori)前炎症外膜蛋白基因oipA, 并对其进行生物信息学分析.

方法: 利用GenBank已公布序列设计引物, 用PCR进行扩增后, 酶切, 连入载体pGEX-5X-1, 并进行序列测定. 用数据库Blast, NCBI CDD, Swiss-model, Propred以及生物学软件Omiga v2.0和Antheprot v5.0分析其生物学特性.

结果: 克隆片段与GenBank公布序列完全一致. 经Blast比对未发现与oipA同源的其他种属基因, 通过NCBI CDD未找到已知保守区域和oipA 编码氨基酸序列相关. 应用Omiga v2.0, Antheprot v5.0软件预测显示该蛋白具有良好的疏水性和抗原性, 将该分析结果和Propred结果比对得到预测的抗原表位.

结论: 应用生物信息学技术, 对幽门螺杆菌基因oipA进行分析, 将为H. pylori与相关致病发生机制研究, H. pylori疫苗的开发等工作奠定一定基础.

Keywords: 幽门螺杆菌; oipA; 生物信息学分析