Quasispecies dynamics in main core epitopes of hepatitis B virus by ultra-deep-pyrosequencing

Table 1 Baseline characteristics of the four patients included in the study

Patient	Sex	Age (yr)	ALT (IU/mL)	HBV DNA (log10 IU/mL)	Genotype	HBeAg status
1	Male	46	167	7.4	A	-1
2	Male	39	95	7.8	A	+
3	Male	31	392	8.3	D	-
4	Female	55	117	7.5	D	-

Age at the time of sample collection.

¹Wild type in main precore mutation. ALT: Alanine transaminase; HBeAg: Hepatitis B e antigen; HBV: Hepatitis B virus.

Table 2 Baseline variability of all the codons analyzed

Codon	PatientN sequencesMaster AA	Pt 133245% var	Pt 228254% var	Pt 327156% var	Pt 419748% var	Median baseline variability
40	E	0.17	0.00	0.27	36.27	9.18
41	A134/S2	0.04	7.54	1.58	0.03	2.30
42	L	0.20	0.08	0.14	0.09	0.13
43	E	0.06	0.07	0.08	0.12	0.08
44	S	0.03	0.01	0.01	0.05	0.03
45	S1/P234	0.24	0.07	0.10	0.09	0.12
46	E	0.06	0.05	0.06	0.08	0.06
47	H	0.06	0.06	0.04	0.03	0.05
48	C	0.09	0.18	0.07	0.27	0.15
49	S	0.09	0.07	0.03	0.01	0.05
50	P	0.07	0.04	0.08	0.02	0.05
51	H	0.14	0.11	0.06	0.01	0.08
52	H	0.03	0.04	0.02	0.02	0.03
53	T	0.11	0.14	0.07	0.04	0.09
54	A	0.14	0.18	0.17	0.19	0.17
55	L	0.03	0.05	0.06	18.58	4.68
56	R	0.21	0.22	0.14	0.10	0.17
57	Q	0.05	0.05	0.03	0.00	0.03
58	A	0.15	0.18	0.09	0.04	0.12
59	I134/V2	0.04	4.75	1.68	0.03	1.62
60	L	0.03	0.02	0.03	0.06	0.04
61	C	0.10	0.08	0.04	0.03	0.06
62	W	0.15	0.21	0.19	0.09	0.16
63	G	0.17	1.93	0.34	0.18	0.65
64	D14/E23	0.69	0.50	0.41	29.96	7.89
65	V1/L234	0.08	0.02	0.09	0.19	0.09
66	T1/M234	0.12	0.21	0.11	0.11	0.14
67	N1/T234	0.05	0.06	0.06	0.04	0.05
68	L	0.04	0.02	0.03	0.02	0.03
69	A	0.05	0.12	0.10	0.09	0.09
70	T	0.05	0.02	0.02	0.01	0.02
71	W	0.11	0.24	0.20	0.17	0.18
72	V	0.07	0.12	0.07	0.03	0.07
73	G	0.17	0.28	0.19	0.11	0.19
74	N12/A3/V4	0.46	0.04	2.06	13.72	4.07
75	N	0.01	0.02	0.02	0.02	0.02
76	L	0.00	0.01	0.02	0.02	0.01
77	G134/Q2	0.14	0.30	1.94	3.03	1.35
78	D	0.03	0.08	0.03	0.08	0.05
79	P	0.16	0.10	0.07	0.03	0.09
80	A123/T4	0.11	0.17	0.12	8.09	2.12
81	S	0.04	0.03	0.01	0.00	0.02
82	R	0.19	0.12	0.15	0.06	0.13
83	D	0.05	0.04	0.06	0.12	0.07
84	Q1/L234	0.21	0.52	0.12	0.05	0.23
85	V	0.02	0.01	0.03	0.01	0.02
86	V	0.02	0.03	0.01	0.04	0.03
87	N1/S234	0.06	0.03	1.93	0.02	0.51
88	Y	0.08	0.03	0.04	0.05	0.05
89	V	0.01	0.00	0.02	0.03	0.02
90	N	0.02	0.02	0.08	0.00	0.03
91	T	0.07	0.05	0.02	0.03	0.04
92	N	0.03	0.02	0.70	18.93	4.92
93	M123/V4	0.02	0.05	0.15	18.89	4.78
94	G	0.04	0.12	0.15	0.09	0.10
95	L	0.03	0.02	0.15	0.14	0.09

Italic numbers indicate the patient in whom the master amino acid (AA) was detected.