长链非编码RNA MALAT1在大肠癌中的表达及其临床意义: 基于多基因表达数据库分析

文章亮点

实验背景

长链非编码RNA(Long-chain non-coding RNA, LncRNA)在肿瘤中的作用为近年研究热点, MALAT1在结直肠癌(colorectal cancer, CRC)中的表达及其相关分子生物学功能不清. 其与患者预后关系仍存有争议. 因此, 我们采用生物信息学方法, 探讨MALAT1在CRC患者癌组织和癌旁组织中的差异表达、相关信号通路及与患者的关系.

实验动机

本文通过分析基因芯片表达数据库中关于MALAT1表达与CRC的关系, 明确其在CRC患者组织中的表达、相关信号通路及与预后的相关性.

实验目标

明确LncRNA在肠癌中的差异表达, MALAT1在肠癌发生中的信号通路相关蛋白及其在患者预后评价中的作用.

实验方法

BioGPS数据库分析正常肠上皮中MALAT1的表达情况. 然后再Oncomine数据库中综合分析大肠癌组织与正常肠上皮组织MALAT1的差异表达, 并分析MALAT1高、低表达与患者生存期是否存在相关性. 应用STRING数据库中蛋白相互作用网络分析与MALAT1相互作用及共表达的相关信号通路蛋白.

实验结果

大肠癌组织中MALAT1表达水平显著高于正常组织. MALAT1高、低表达组总生存期无统计学差异. MALAT1与TP53, SUZ12, CDK4, KDMA, 等具有相互作用关系而与EZH2, TP53, SRSF1等基因具有共表达关系.

实验结论

CRC患者癌组织中MALAT1基因表达表达水平明显上调, 但与患者预后并无明显相关性. MALAT1与TP53, SUZ12, CDK4, KDMA蛋白相互作用并与细胞的转录调控及分裂有关.

展望前景

MALAT1高低表达是否有肠癌患者预后相关仍存有争议, 需要高质量前瞻性研究进行证实. MALAT1具体调控肠癌细胞发生、发展和侵袭转移的分子机制有待相关分子生物学研究进一步验证.