基于RNA-Seq技术的跨种属跨病因肝癌差异表达基因的筛选

表1 测序产出数据质量情况一览表

样品名称	Raw reads	Clean reads	Clean bases	错误率(%)	Q20(%)	Q30(%)	GC含量
HUC1	37206882	36445722	4.56G	0.01	97.46	93.69	50.49
HUC2	39980478	39286974	4.91G	0.01	97.23	93.17	51.93
HUC3	41432656	40844192	5.11G	0.01	97.34	93.36	49.73
HUP1	30008898	28825038	3.60G	0.02	96.02	90.74	51.36
HUP2	30599356	29416982	3.67G	0.02	95.66	89.83	52.33
HUP3	27131834	26121448	3.26G	0.02	96.07	90.79	50.29
HUNL1	31350434	30130374	3.76G	0.02	96.25	91.18	50.02
HUNL2	35092444	33942944	4.24G	0.02	96.33	91.29	48.28
HUNL3	40344662	38802132	4.84G	0.02	96.26	91.34	49.48
TSBC	25802062	24849984	3.10G	0.02	95.94	90.43	50.08
TSBP	30744812	29447898	3.67G	0.02	96.03	90.74	50.77
TSFC1	27993940	26848966	3.35G	0.02	95.89	90.40	49.62
TSFC2	31917292	30852496	3.85G	0.02	96.20	91.00	49.10
TSFC3	30277814	29078526	3.63G	0.02	95.75	90.02	51.59
TSFP1	28105204	26992530	3.37G	0.02	96.03	90.66	50.46
TSFP2	30496114	29218694	3.64G	0.02	96.10	90.81	50.88
TSFP3	27089406	26041320	3.25G	0.02	95.73	89.77	50.90
TSNL1	26407954	25418372	3.17G	0.02	96.02	90.66	49.41
TSNL2	28104302	26866832	3.35G	0.02	95.38	89.33	49.61
TSNL3	33759030	31788066	3.96G	0.02	96.24	91.28	52.30

HUC1、2、3为人肝癌组织标本, HUP1、2、3为相应的人肝癌癌旁组织, HUNL1、2、3为人正常肝组织标本; TSBC为HBV诱发的树鼩肝癌组织, TSBP为相应树鼩癌旁组织, TSFC1、2、3为AFB1诱发的树鼩肝癌组织, TSFP1、2、3为相应的树鼩癌旁组织, TSNL1、2、3为树鼩正常肝组织.

表2 Reads与参考基因组比对情况一览表

样品名称	Total reads	Total mapped[n(%)]	Multiple mapped[n(%)]	Uniquely mapped[n(%)]	Reads map to '+'[n(%)]	Reads map to '-'[n(%)]	Non-splice reads[n(%)]	Splice reads[n(%)]
HUC1	36445722	32670253(89.64)	902942(2.48)	31767311(87.16)	15883705(43.58)	15883606(43.58)	19414598(53.27)	12352713(33.89)
HUC2	39286974	35182541(89.55)	1337075(3.40)	33845466(86.15)	16902604(43.02)	16942862(43.13)	22266843(56.68)	11578623(29.47)
HUC3	40844192	37036980(90.68)	894244(2.19)	36142736(88.49)	18044358(44.18)	18098378(44.31)	22278103(54.54)	13864633(33.95)
HUP1	28825038	24692788(85.66)	729078(2.53)	23963710(83.14)	11974500(41.54)	11989210(41.59)	16050121(55.68)	7913589(27.45)
HUP2	29416982	25345056(86.16)	842482(2.86)	24502574(83.29)	12251984(41.65)	12250590(41.64)	16617415(56.49)	7885159(26.80)
HUP3	26121448	22625535(86.62)	711245(2.72)	21914290(83.89)	10951977(41.93)	10962313(41.97)	14151326(54.18)	7762964(29.72)
HUNL1	30130374	26312376(87.33)	715190(2.37)	25597186(84.95)	12793386(42.46)	12803800(42.49)	15534005(51.56)	10063181(33.40)
HUNL2	33942944	30050836(88.53)	841963(2.48)	29208873(86.05)	14587310(42.98)	14621563(43.08)	15736894(46.36)	13471979(39.69)
HUNL3	38802132	33493766(86.32)	1004978(2.59)	32488788(83.73)	16234641(41.84)	16254147(41.89)	22506362(58.00)	9982426(25.73)
TSBC	24849984	18710366(75.29)	705691(2.84)	18004675(72.45)	8974953(36.12)	9029722(36.34)	9993900(40.22)	8010775(32.24)
TSBP	29447898	22482581(76.35)	637820(2.17)	21844761(74.18)	10898661(37.01)	10946100(37.17)	13060258(44.35)	8784503(29.83)
TSFC1	26848966	20049832(74.68)	654623(2.44)	19395209(72.24)	9657952(35.97)	9737257(36.27)	12109987(45.10)	7285222(27.13)
TSFC2	30852496	21632114(70.11)	609183(1.97)	21022931(68.14)	10470694(33.94)	10552237(34.20)	12900309(41.81)	8122622(26.33)
TSFC3	29078526	21826058(75.06)	669998(2.30)	21156060(72.75)	10547223(36.27)	10608837(36.48)	11840645(40.72)	9315415(32.04)
TSFP1	26992530	20716728(76.75)	591861(2.19)	20124867(74.56)	10060447(37.27)	10064420(37.29)	11516169(42.66)	8608698(31.89)
TSFP2	29218694	20576757(70.42)	604349(2.07)	19972408(68.35)	9978186(34.15)	9994222(34.20)	11189601(38.30)	8782807(30.06)
TSFP3	26041320	20182818(77.50)	654774(2.51)	19528044(74.99)	9774814(37.54)	9753230(37.45)	10583948(40.64)	8944096(34.35)
TSNL1	25418372	18226500(71.71)	514545(2.02)	17711955(69.68)	8828112(34.73)	8883843(34.95)	9953996(39.16)	7757959(30.52)
TSNL2	26866832	19460969(72.43)	617362(2.30)	18843607(70.14)	9401317(34.99)	9442290(35.14)	9717239(36.17)	9126368(33.97)
TSNL3	31788066	24301296(76.45)	663093(2.09)	23638203(74.36)	11765212(37.01)	11872991(37.35)	15042194(47.32)	8596009(27.04)

HUC1、2、3为人肝癌组织标本, HUP1、2、3为相应的人肝癌癌旁组织, HUNL1、2、3为人正常肝组织标本; TSBC为HBV诱发的树鼩肝癌组织, TSBP为相应树鼩癌旁组织, TSFC1、2、3为AFB1诱发的树鼩肝癌组织, TSFP1、2、3为相应的树鼩癌旁组织, TSNL1、2、3为树鼩正常肝组织.

表3 不同表达水平区间的基因数量统计表 n(%)

FPKM Interval	0-1	1-3	3-15	15-60	>60
HUC1	41566(72.63)	3578(6.25)	5650(9.87)	4640(8.11)	1798(3.14)
HUC2	43595(76.17)	3153(5.51)	5182(9.05)	3534(6.17)	1768(3.09)
HUC3	42720(74.64)	3072(5.37)	5268(9.20)	4340(7.58)	1832(3.20)
HUP1	43421(75.87)	3713(6.49)	5610(9.80)	3071(5.37)	1417(2.48)
HUP2	42840(74.85)	3663(6.40)	5687(9.94)	3410(5.96)	1632(2.85)
HUP3	43430(75.88)	3640(6.36)	5649(9.87)	3179(5.55)	1334(2.33)
HUNL1	43776(76.49)	3506(6.13)	5538(9.68)	3129(5.47)	1283(2.24)
HUNL2	43678(76.32)	3388(5.92)	5647(9.87)	3274(5.72)	1245(2.18)
HUNL3	42677(74.57)	3727(6.51)	5837(10.20)	3478(6.08)	1513(2.64)
TSBC	22965(64.12)	2187(6.11)	5201(14.52)	3786(10.57)	1679(4.69)
TSBP	23101(64.50)	2773(7.74)	5739(16.02)	2964(8.28)	1241(3.46)
TSFC1	21840(60.97)	2298(6.42)	5296(14.79)	4505(12.58)	1879(5.25)
TSFC2	23561(65.78)	2658(7.42)	5047(14.09)	3081(8.60)	1471(4.11)
TSFC3	23693(66.15)	2395(6.69)	5062(14.13)	3184(8.89)	1484(4.14)
TSFP1	23276(64.98)	2732(7.63)	5355(14.95)	3014(8.41)	1441(4.02)
TSFP2	24445(68.25)	2825(7.89)	4806(13.42)	2597(7.25)	1145(3.20)
TSFP3	24571(68.60)	3080(8.60)	4923(13.74)	2166(6.05)	1078(3.01)
TSNL1	24162(67.46)	2932(8.19)	4956(13.84)	2514(7.02)	1254(3.50)
TSNL2	24347(67.97)	3052(8.52)	4948(13.81)	2311(6.45)	1160(3.24)
TSNL3	24544(68.52)	3271(9.13)	4591(12.82)	2197(6.13)	1215(3.39)

HUC1、2、3为人肝癌组织标本, HUP1、2、3为相应的人肝癌癌旁组织, HUNL1、2、3为人正常肝组织标本; TSBC为HBV诱发的树鼩肝癌组织, TSBP为相应树鼩癌旁组织, TSFC1、2、3为AFB1诱发的树鼩肝癌组织, TSFP1、2、3为相应的树鼩癌旁组织, TSNL1、2、3为树鼩正常肝组织.

表4 差异表达基因的reads数

基因	APOF	IGFALS
HUC1	694	28
HUC2	450	258
HUC3	153	47
HUP1	1928	2839
HUP2	2619	1319
HUP3	2657	2292
HUNL1	4383	2760
HUNL2	4439	1769
HUNL3	3960	3006
TSBC	22	22
TSBP	473	605
TSFC1	35	46
TSFC2	82	43
TSFC3	3	35
TSFP1	579	559
TSFP2	295	215
TSFP3	299	414
TSNL1	2143	922
TSNL2	2121	934
TSNL3	1018	2318

HUC1、2、3为人肝癌组织标本, HUP1、2、3为相应的人肝癌癌旁组织, HUNL1、2、3为人正常肝组织标本; TSBC为HBV诱发的树鼩肝癌组织, TSBP为相应树鼩癌旁组织, TSFC1、2、3为AFB1诱发的树鼩肝癌组织, TSFP1、2、3为相应的树鼩癌旁组织, TSNL1、2、3为树鼩正常肝组织. IGFALS: 胰岛素样生长因子酸不稳定亚基.