临床研究
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世界华人消化杂志. 2016-04-18; 24(11): 1664-1675
Published online 2016-04-18. doi: 10.11569/wcjd.v24.i11.1664
基于RNA-Seq技术的跨种属跨病因肝癌差异表达基因的筛选
史俊林, 罗旺, 李瑗, 杨春, 唐艳萍, 李科志, 曹骥
史俊林, 罗旺, 李瑗, 杨春, 唐艳萍, 李科志, 曹骥, 广西医科大学附属肿瘤医院实验研究部 广西壮族自治区南宁市 530021
史俊林, 广西医科大学转化医学研究中心 广西医科大学研究生院 广西壮族自治区南宁市 530021
史俊林, 助理研究员, 主要从事肝癌病因学的基础与临床研究以及肿瘤转移和肿瘤微环境方面的研究.
基金项目: 国家自然科学基金资助项目, Nos. 30960428, 81260080; 广西医科大学青年科学基金资助项目, No. GXMUYSF2014023.
作者贡献分布: 本课题由曹骥设计; 研究过程由史俊林、罗旺、杨春、唐艳萍及李科志完成; 论文撰写由史俊林、曹骥及李瑗完成.
通讯作者: 曹骥, 研究员, 530021, 广西壮族自治区南宁市河堤路71号, 广西医科大学附属肿瘤医院实验研究部. caojicn@163.com
收稿日期: 2016-02-01
修回日期: 2016-02-26
接受日期: 2016-03-08
在线出版日期: 2016-04-18
Abstract

目的: 运用全转录组测序(RNA sequencing, RNA-Seq)技术和跨种属、跨病因筛选策略, 定位出影响肝癌发生发展的关键因子.

方法: 运用RNA-Seq技术, 对人肝癌、癌旁和正常肝组织, 以及乙型肝炎病毒(hepatitis B virus, HBV)和黄曲霉毒素B1(aflatoxins, AFB1)诱发的树鼩肝癌、癌旁和正常肝组织标本进行全转录组测序、基因表达水平分析和比较; 分别筛选出人肝癌差异表达分子、HBV和AFB1致癌的树鼩肝癌差异表达因子, 最后定位出跨人和树鼩两个物种、跨HBV和AFB1两种致癌因素的肝癌共同差异表达分子.

结果: 各标本总RNA提取质量合格, RNA-Seq测序数据质量合格, 测序数据与参考基因对比匹配率合格, 样品间基因表达相关性合格. 人肝癌差异表达基因有68个, 其中上调基因14个, 下调基因54个; HBV诱发的树鼩肝癌差异表达基因有314个, AFB1诱发的树鼩肝癌差异表达基因有20个, HBV和AFB1诱发的树鼩肝癌共同差异表达基因11个, 均为下调基因. 人肝癌和树鼩肝癌共同差异表达基因为2个, 分别是载脂蛋白F(apolipoprotein F, APOF)和人胰岛素样生长因子酸不稳定亚基(insulin-like growth factor binding protein, acid labile subunit, IGFALS), 其mRNA表达水平在肝癌中均下调.

结论: 运用RNA-Seq技术, 跨种属、跨病因筛选肝癌关键基因的研究策略有可能推动肝癌关键基因的定位; APOF和IGFALS有可能是影响肝癌发生发展的重要分子.

Keywords: 全转录组测序; 肝癌; 跨种属; 跨病因; 载脂蛋白F; 胰岛素样生长因子酸不稳定亚基

核心提示: 基于全转录组测序这一新的技术, 结合跨种属、跨病因肿瘤关键基因筛选策略, 我们初步发现了载脂蛋白F和胰岛素样生长因子酸不稳定亚基两个可能影响肝癌发生发展的候选关键基因.