临床研究
Copyright
©The Author(s) 2014. Published by Baishideng Publishing Group Inc. All rights reserved.
世界华人消化杂志. 2014-11-08; 22(31): 4734-4744
在线出版 2014-11-08. doi: 10.11569/wcjd.v22.i31.4734
表1 实时PCR引物
基因 基因公共数据库号 引物5'-3' GAPDH NM_002046 F: GCACCGTCAAGGCTGAGAAC R: TGGTGAAGACGCCAGTGGA GPC3 NM_001164617 F: CCTTTGCTGGAATGGACAAGAAC R: CAGCTCATGGAGATTGAACTGG CCL20 NM_004591 F: TTGGGTGAAATATATTGTGCGTCTC R: TGATGTGCAAGTGAAACCTCCA CTHRC1 NM_138455 F: GAGTCCTGGACACCCAACTACAAG R: AGCCGAAGTGAGCCACTGAA
表2 肝癌组织相对其正常肝组织差异性表达
改变倍数 差异性表达基因总数 上调基因数量 下调基因数量 2倍以上 1647 538 1109 5倍以上 555 227 328 10倍以上 284 94 190 20倍以上 160 43 117 50倍以上 33 15 18 100倍以上 15 7 8 总和 2694 924 1770
表3 肝癌组织相对其正常肝组织上调基因前10名
基因公共数据库号 上调倍数 基因符号 描述 NM_024780 249.31 TMC5 人类跨膜通道-5, 转录本3, mRNA NR_024418 183.46 LOC389332 人类非典型通路389332, 非编码mRNA NM_001958 158.38 EEF1A2 人类真核·译延伸因子1α2, mRNA NM_005980 127.23 S100P 人类S100钙结合蛋白P, mRNA NM_006183 119.47 NTS 人类神3/4降压素, mRNA NM_004181 103.23 UCHL1 人类泛素末端羧基酯酶L1, mRNA NM_001080494 94.24 TTC39A 人类肽重复序列结构域39A, 转录本2, mRNA NM_152997 93.56 C4orf7 人类染色体4开放阅读框架7, mRNA NM_006142 89.26 SFN 人类分层蛋白, mRNA NM_020647 86.98 JPH1 人类亲联蛋白, mRNA
表4 肝癌组织相对其正常肝组织下调基因前10名
基因公共数据库号 下调倍数 基因符号 描述 NM_000693 878.02 ALDH1A3 人类醛脱氢酶1家族A3成员, mRNA NR_039975 304.52 LOC100506229 人类非典型通路100506229, 转录本1, 非编码RNA NM_013267 287.93 GLS2 人类谷氨酰胺酶2, mRNA NM_001144904 195.67 CLEC4M 人类C型凝集域4家族M成员, 转录本2, mRNA NM_152338 183.42 ZG16 人类酶Ô颗粒蛋白16同系物, mRNA NM_057157 132.69 CYP26A1 人类细胞色素P450 26家族A亚科1肽, 转录本2, mRNA NM_022820 104.75 CYP3A43 人类细胞色素P450 3家族A亚科43肽, 转录本1, mRNA NM_176782 101.39 FAM151A 人类相似序列151家族A成员, mRNA NM_152722 96.31 HEPACAM 人类肝细胞和胶质细胞黏附分子, mRNA NM_004108 93.07 FCN2 人类无花果酶2, 转录本SV0, mRNA
表5 Wnt信号通路基因改变
基因公共数据库号 基因标记 改变倍数 上调/下调 描述 NM_003508 FZD9 2.21 下调 卷曲家族受体9 NM_006238 PPARD 2.38 上调 激活型受体δ NM_002739 PRKCG 2.47 下调 蛋白激酶C NR_028062 PRKY 2.63 上调 蛋白激酶Y关联基因 NM_001198531 TCF7L2 3.12 下调 转录因子7-2 NM_005052 RAC3 3.42 下调 C3相关ras 基因 NM_001198531 TCF7 3.62 下调 转录因子7 ENST00000394822 PPP3CB 3.94 上调 蛋白磷酸酶3 NM_003506 FZD6 4.84 上调 卷曲家族受体6 NM_172082 CAMK2B 4.99 下调 钙依赖型蛋白激酶2 NM_002752 MAPK9 6.75 上调 蛋白激酶9 NM_016269 LEF1 8.96 上调 淋巴结核因子1 NM_003014 SFRP4 14.41 上调 分泌型蛋白4 NM_014420 DKK4 16.91 下调 一直同族体4 NM_003015 SFRP5 54.29 下调 分泌型蛋白5
表6 JAK-STAT信号通路基因改变
基因公共数据库号 基因标记 改变倍数 上调/下调 描述 NM_005465 AKT3 2.23 上调 蛋白激酶B NM_001206866 IL6R 2.39 下调 白介素6受体 NM_152594 SPRED1 2.42 上调 包º域1 NM_001559 IL12RB2 2.58 下调 白介素12受体 NM_181523 PIK3R1 2.61 下调 调节亚基1 NM_000163 GHR 2.72 下调 生长因子受体 NM_001330 CTF1 3.21 下调 营养液1 NM_173065 IL28RA 4.79 下调 白介素28受体 NM_172200 IL15RA 6.25 上调 白介素15受体 NM_000600 IL6 7.56 下调 白介素6 NM_001003679 LEPR 13.38 下调 瘦素受体 NM_172249 CSF2RA 13.66 上调 集落刺激因子受体 NM_144717 IL20RB 21.09 下调 白介素20受体
引文著录: 高冰, 宁淑芳, 唐艳萍, 刘海洲, 利基林, 张力图. 人肝癌组织及癌旁正常肝组织的mRNA差异表达谱. 世界华人消化杂志 2014; 22(31): 4734-4744