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基于全基因组测序对双重耐药幽门螺杆菌外排泵基因变异的研究
叶淑芳, 张剑美, 代飞, 蓝陈菊, 章小君, 周丽珍, 丽水市人民医院消化内科, 浙江省丽水市 323000
叶淑芳, 主任医师, 研究方向为消化系统疾病.
汤清清, 孟飞, 杭州致远医学检验所有限公司, 浙江省杭州市 310000
基金项目: 浙江省科学技术厅2020年省公益技术研究项目 , No. LGF20H030005 ; 丽水市消化内镜临床医学研究科技创新团队 , No. 2018cxtd05 .
作者贡献分布: 此课题由叶淑芳设计; 研究过程由叶淑芳、张剑美、代飞、蓝陈菊、章小君、周丽珍、汤清清操作完成; 数据分析由叶淑芳、孟飞完成; 本论文写作由叶淑芳完成.
通讯作者: 叶淑芳, 主任医师, 323000, 浙江省丽水市莲都区大众街15号, 丽水市人民医院消化内科. 13735951698@163.com
收稿日期: 2021-01-29
修回日期: 2021-03-16
接受日期: 2021-03-28
在线出版日期: 2021-05-08
修回日期: 2021-03-16
接受日期: 2021-03-28
在线出版日期: 2021-05-08
文章亮点
实验背景
目前抗生素耐药已经成为幽门螺杆菌(Helicobacter pylori, H. pylori)感染患者根除失败的主要原因. 外排泵基因与抗生素耐药存在一定的关联性, 先前的不少研究已证实外排泵基因过表达可以增加菌株的耐药性的.
实验动机
外排泵基因的研究可以解决当前H. pylori耐药基因研究不足的缺点, 研究结果对未来幽门螺杆菌耐药机制起到一定的数据支持作用.
实验目标
本实验将找出双重耐药菌株与敏感菌株外排泵基因存在的变异, 探索外排泵基因的变异与双重耐药菌株耐药性产生的内在联系.
实验方法
用13C呼气试验及药敏试验筛选出双重耐药菌株及敏感菌株, 用特异性PCR的常规方法进行耐药基因突变位点的验证, 基于MiSeq平台, 分别对双重耐药菌株及敏感菌株进行全基因组测序, 以鉴定双重耐药表型与敏感表型的外排泵基因的单核苷酸变体(SNV)并进行分析.
实验结果
筛选出双重耐药菌株5株, 特异性PCR耐药基因突变位点验证发现5株临床双重耐药菌株中检测到23S rRNA基因及gyrA的点突变, 而在5株临床敏感菌株中未检测到. 在5株克拉霉素及左氧氟沙星耐药的菌株中, HP0970中存在C111T突变而在5株敏感菌株中未发现该突变.
实验结论
本研究发现在双重耐药菌株中的H. pylori外排泵系统的四个基因簇中存在一个C111T位点突变, 而敏感菌株中没有. 这表明外排泵基因可能有助于微生物耐药性的产生.
展望前景
利用全基因组测序对H. pylori外排泵基因进行研究, 揭示了全基因组测序在H. pylori耐药分析中的潜力, 对于H. pylori基因型与表型的关系有了新的认识, 对未来关于H. pylori耐药机制的研究起到一定的数据支持作用.