基于高通量测序技术的藏族肝硬化患者肠道菌群多样性研究

Abstract

背景

大量研究已证实肝硬化患者存在肠道菌群失调的现象, 这为临床防治肝硬化及并发症提供了新的线索与思路. 藏族人群生活环境和饮食习惯有别于汉族人群, 因而藏族肝硬化患者肠道菌群结构及多样性亦可能存在差异.

目的

探讨藏族肝硬化患者肠道菌群结构、丰度与多样性, 并对比汉族肝硬化患者肠道菌群的差异及特点.

方法

前瞻性纳入2017-10/2018-10四川大学华西医院成办分院消化内科36例肝硬化患者, 其中20例藏族设为实验组, 16例汉族肝硬化患者设为对照组; 收集患者基本信息、血常规、生化、凝血功能、影像学等, 并采集大便标本, 提取基因组DNA并对细菌16S rRNA基因V4区进行PCR扩增, 应用Illumina Miseq平台进行高通量测序, 测序原始结果进行Reads拼接、操作分类单元(operational taxonomic units, OTUs)聚类、物种注释、Alpha多样性分析等, 最终得到样品的生物信息学结果.

结果

对照组和实验组分别获得15006和36872条有效序列, 在实验组中Chao1指数显著降低(P<0.01), 实验组的物种丰富度较对照组显著降低. 基于97%的相似性进行物种注释, 对实验组和对照组进行微生物物种丰度比较. 结果显示, 相较于对照组, 在门水平上, 实验组中拟杆菌门显著减少(P<0.001), 厚壁菌门和放线菌门在实验组中增加(P<0.01和P<0.05); 在属水平上, 葡萄球菌属、放线菌属在实验组中显著减少(P<0.01), 乳杆菌属显著增加(P<0.01).

结论

藏族肝硬化患者的肠道微生物丰度明显低于汉族肝硬化患者, 肠道微生物组成存在着差异. 本研究首次展现了藏族肝硬化患者的肠道微生物组成特点, 为肝硬化的个性化治疗奠定了基础.

Keywords: 藏族; 肝硬化; 肠道菌群; 高通量测序

核心提要: 通过肠道菌群高通量测序, 探讨藏族肝硬化患者肠道菌群结构、丰度与多样性, 并对比汉族肝硬化患者肠道菌群的差异及特点. 结论: 藏族肝硬化患者的肠道微生物丰度明显低于汉族肝硬化患者, 肠道微生物组成存在着差异.