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世界华人消化杂志. 2009-10-18; 17(29): 3001-3007
Published online 2009-10-18. doi: 10.11569/wcjd.v17.i29.3001
Published online 2009-10-18. doi: 10.11569/wcjd.v17.i29.3001
APC和CDKN2A基因甲基化定量分析对肝细胞癌的诊断价值
白同, 天津医科大学第三中心临床学院 天津市 300170
杨斌, 娄诚, 张晔, 高英堂, 王毅军, 杜智, 天津市第三中心医院 天津市人工细胞重点实验室 天津市 300170
杨斌, 宋文芹, 南开大学生命科学学院 天津市 300071
白同, 天津医科大学硕士在读, 主要从事肝癌分子诊断的研究.
基金项目: 中国博士后科学基金面上资助项目, No. 20070410753; 天津市重点科技攻关专项基金资助项目, No. 05YFSJSF02500; 天津市卫生局基金面上资助项目, No. 07KZ10.
作者贡献分布: 此课题由杜智与宋文芹设计; 甲基化定量检测由白同完成; 生物信息学分析由杨斌完成; 序列测定与验证由娄诚完成; 数据分析由张晔与高英堂完成; 实验标本收集与管理由王毅军完成.
通讯作者: 杜智, 教授, 300170, 天津市河东区津塘路83号, 天津市第三中心医院 天津市人工细胞重点实验室. zhi-du@163.com
电话: 022-84112148 传真: 022-24382234
收稿日期: 2009-08-23
修回日期: 2009-09-26
接受日期: 2009-09-28
在线出版日期: 2009-10-18
修回日期: 2009-09-26
接受日期: 2009-09-28
在线出版日期: 2009-10-18
Abstract
目的: 系统分析基因甲基化在肝癌发生中涉及的分子途径, 从中选取代表性基因进一步分析其甲基化在细胞癌变过程中的生物学及临床意义.
方法: 对10年间关于肝癌基因甲基化相关文献进行数据发掘与功能分类, 在其中2个与肝癌发生相关的生物途径中选取APC和CDKN2A基因, 采用实时定量甲基化特异性PCR技术对46例成对肝癌与癌旁组织中基因的甲基化水平进行定量分析并评估其诊断价值.
结果: 生物信息学分析显示肝癌中发生甲基化的基因主要涉及Wnt/β-catenin、p16及p53 3个主要分子途径; 甲基化分析表明CDKN2A基因在肝癌组织中甲基化水平极显著高于癌旁组织(P<0.0001), 并且癌组织中甲基化程度在高龄患者中较高(P = 0.0027); ROC曲线分析表明通过CDKN2A甲基化定量分析能够高效区分癌与非癌组织(AUC = 0.8526). APC基因在癌与癌旁间总体甲基化水平无显著性差异(P = 0.0656).
结论: CDKN2A基因甲基化水平的升高在肝细胞癌变过程中可能具有重要作用, 其甲基化水平的升高可作为一种鉴别癌与非癌组织的分子标志物. CDKN2A甲基化模式的特异性使其在肝癌早期筛查和诊断中具有一定的临床应用价值.
Keywords: 甲基化; 肝细胞癌; 生物标志物; APC; CDKN2A