修回日期: 2004-06-09
接受日期: 2004-06-17
在线出版日期: 2004-09-15
目的: 探讨乙型肝炎病毒(HBV)基因型的分型方式, 并根据病毒蛋白结构提出新的病毒蛋白分型方式.
方法: 自GenBank中按基因型搜索符合要求的HBV基因组序列, 并应用Vector NTI suite 8.0版软件进行基因组核苷酸及各基因编码蛋白质序列比较, 并利用软件分析前前-S基因、前-X基因和前-C基因的存在状态.
结果: 在GenBank中根据HBV基因型分型搜索出119个病毒株全基因组, 比较后发现选择病毒株基因组核苷酸序列总阳性率和总一致率分别为95.7%和47.7%; 选择病毒株编码的全C蛋白、全S蛋白、全X蛋白和多聚酶的总阳性率分别为98.6%、87.3%、57.2%和95.2%, 总一致率分别为37.4%、24.1%、27.7%和43.5%. 在病毒群中, 33.61%的病毒株编码前前-S多肽, 14.3%的病毒株编码前-X多肽, 26.1%的病毒株不编码前-C多肽, 94.1%编码前-X多肽的病毒株同时编码前前-S多肽． 基因组1-700 nt一致率30.6%, 1 103-1 653 nt一致率20.8%, 为高变区; 基因组1 654-1 950 nt的一致率为74.2%, 为高保守区．4种病毒蛋白各有其相应的高变区和高保守区． 根据病毒蛋白前导性序列的变异情况提出新的分型方法, 命名为蛋白表型．蛋白表型分7型, IV型为主要流行表型, 占39.5%, V型和VII型各占19. 3%. 亚洲HBV蛋白分型分布分散, I、IV、V和VII型所占比例均大于20%; 欧洲IV型占58.3%, VII型占25.0%, V型占13.9%.
结论: 在综合分析HBV基因组的基础上, 初步划分出HBV基因组和病毒蛋白内部存在的高变区和高保守区. 提出蛋白表型的新概念, 并综合展示基因核苷酸突变所导致的病毒蛋白的结构差异.