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SLP-2基因在食管鳞癌中的差异表达及其生物信息学分析
张立勇, 李衍达, 清华大学自动化系生物信息学教育部重点实验室 北京市 100084
王涛, 丁芳, 刘仲敏, 刘芝华, 中国医学科学院中国协和医科大学肿瘤医院肿瘤研究所分子肿瘤学国家重点实验室 北京市 100021
通讯作者: 李衍达, 100084, 北京市海淀区清华园, 清华大学自动化系生物信息学教育部重点实验室. daulyd@tsinghua.edu.cn
电话: 010-62782409 传真: 010-62784047
收稿日期: 2004-03-18
修回日期: 2004-03-25
接受日期: 2004-04-13
在线出版日期: 2004-07-15
修回日期: 2004-03-25
接受日期: 2004-04-13
在线出版日期: 2004-07-15
Abstract
目的: 应用cDNA微阵列从食管鳞癌配对组织中得到一批在食管鳞癌中差异表达的基因, 其中包括SLP-2. 他在食管鳞癌组织中的表达比其在配对的正常组织中高6倍以上. 验证SLP-2在食管鳞癌组织中高表达的结果, 构建组织表达谱, 同时对其进行生物信息学分析.
方法: 利用RT-PCR和Northern blot对SLP-2在食管鳞癌组织中高表达的结果进行验证, 构建组织表达谱. 利用CLUSTAL和SMART软件对SLP-2进行生物信息学分析.
结果: RT-PCR和Northern blot表明, SLP-2在食管鳞癌组织中高表达, 并在多种组织中表达.CLUSTAL软件分析表明, SLP-2蛋白是stomatin超家族的一员, 但缺少stomatin超家族所特有的N-端疏水性结构域. SMART 软件分析表明, SLP-2蛋白具有一个PHB结构域和一个螺旋丰富的区域.
结论: cDNA 微阵列是筛选差异表达基因的有力工具. SLP-2在食管鳞癌组织中高表达, 并在多种组织中都有表达. 生物信息学分析表明其缺少stomatin超家族所特有的N-端疏水性结构域, 具有一个 PHB结构域和一个螺旋丰富的区域, 为阐明SLP-2参与肿瘤发生发展的分子机制奠定了良好的基础.
Keywords: N/A