单细胞测序技术在结直肠癌中的研究进展

表2 主要单细胞转录组组测序技术

方法	技术简介	优点	缺点	期刊	参考文献
Tang RNA-seq	以富含T的多聚核苷酸作为引物合成cDNA, 在3'末端添加Poly(A), 再用poly(T)引物合成第二条cDNA链并扩增, 获得DNA片段	检测转录本全长; 高灵敏度和特异性	3 '端偏倚, 仅检测带有poly(A)尾的mRNA; 成本高	Nature methods	[21]
Smart-Seq	低渗溶液裂解单细胞, 将RNA的poly(A)尾与含有Oligo(dT)序列的核苷酸引物杂交, 合成cDNA的第一条链, 全长转录本上添加poly(C), 完成第二条链	高覆盖率; 高敏感度, 可识别低、高丰度转录本; 适用稀有细胞	低丰度转录本捕获率有限; 不能区分PCR引入的突变, 大于4 kb序列不能高效转录	Nature methods	[29]
Smart-Seq2	将oligo(dT)引物与RNA杂交逆转录成cDNA并在3'端添加C尾.利用Tn5转座酶将cDNA片段化, 链接3'端和5'端引物合成cDNA第二条链	高覆盖率; 无需纯化; 测序深度为106	操作复杂; 对样本质量和完整性要求高; 价格较高	Nature protocols	[30]
CEL-seq	从单细胞逆转录开始, 利用带有lllumina PI接头、T7启动子、细胞条形码、锚定polyT的引物将mRNA逆转录成cDNA, 第二条链合成后启动IVT构建DNA文库	条形码标记可实现高通量分析, 减少扩增偏差; 误差低; 污染小; 灵敏度高、准确、可重复	3'端偏倚, 高丰度转录本优先扩增; 操作较复杂	Nature protocols	[31]
Quartz-seq	将带有Oligo(Dt)引物与mRNA的poly(A)尾杂交, 在反转录酶的作用下合成cDNA的第一条链, cDNA形成发夹结构	可定量检测细胞异质性及细胞周期阶段; 高重复性; 减少PCR副产物	样本质量要求高和需完整的mRNA; GC含量、长度差异产生扩增偏倚	Genome biology	[32]
MARS-seq	利用流式细胞术分选单细胞, 随后进行自动化分析, 利用三重条形码标记技术做RNA测序	高通量(同时处理数千单细胞); 细胞分类精确	技术复杂; mRNA易降解; 扩增偏差	Science	[33]
Drop-seq	基于微流控的方法将组织解离成单细胞悬液, 将单细胞与STAMP条形码微粒包裹在液滴中. 细胞在液滴中裂解, 释放mRNA携带条形码和不同UMI, 进而逆转录、扩增和测序	高吞吐量; 低成本; 通过条形码可追溯细胞来源; 应用广泛	细胞丢失和双细胞现象; 有GC含量偏倚	Nature methods	[34]

Tang RNA-seq: 全转录组测序; Smart-seq: 单细胞全长转录组测序; Smart-seq2: 单细胞全长转录组测序; CEL-seq: 单细胞线性扩增转录组测序; Quartz-seq: 石英单细胞转录组测序; MARS-seq: 大规模并行单细胞转录组测序; Drop-seq: 基于液滴微流控的单细胞转录组测序.