基础研究
Copyright ©The Author(s) 2015.
世界华人消化杂志. 2015-05-18; 23(14): 2208-2214
在线出版 2015-05-18. doi: 10.11569/wcjd.v23.i14.2208
表1 系列GSE545和GES14中关于胃癌和正常胃组织的样本GSM
GSMDelineation
GSM9103SAGE_Hiroshima_GC_P208T
GSM8505SAGE_Hiroshima_GC_W246T
GSM8867SAGE_Hiroshima_GC_W226T
GSM9104SAGE_Hiroshima_GC_P208L
GSM7800SAGE_Hiroshima_GC_S219T
GSM2385SAGE_gastric_cancer-G189
GSM14760SAGE_Stomach_cancer_B_X43
GSM757SAGE_gastric_cancer-G234
GSM784SAGE_normal_gastric_body_epithelial
GSM14780SAGE_Stomach_normal_B_antrum
表2 S100基因对应的SAGE标签和Unigene簇号
基因基因数据库簇号SAGE标签
S100A2516484GATCTCTTGG
S100A3433168TCTCCCACAC
S100A481256ATGTGTAACG
S100A6275243CCCCCTGGAT
S100A7112408GAGCAGCGCC
S100A8416073TACCTGCAGA
S100A9112405GTGGCCACGG
S100A10143873AGCAGATCAG
S100A1219413GATTTTTAAA
S100A16515714AGCAGGAGCA
表3 S100A2在部分组织和对应癌组织中的EST和SAGE数据库中丰度值
人体组织EST数据
SAGE数据
正常组织癌组织P正常组织癌组织P
全部组织58/336354483/25200940.0010298/7214558526873/81510018nan
结肠0/269583/1537880.3711/9808957/6435860.005
0/992750/107967-0/66308505/2149870.000
皮肤4/742616/1255910.4536154/2690584725297/34522313nan
0/270053/666790.2810/12476763/4487160.000
表4 关于胃癌和正常胃组织微阵列数据5个系列GSE
数据集例数(n)
微阵列杂交点
正常组织癌组织
GSE2637355cDNA13K/17K
GSE2685822Oligo-nucleotide-7.2K
GSE26691064cDNA-7.4K
GSE27012290cDNA44K
GSE34385050cDNA14K
表5 SAGE 分析S100基因在胃癌和正常胃组织中的表达水平
基因基因数据库簇号SAGE标签正常组织(tpm1)癌组织(tpm1)
S100A2516484GATCTCTTGG0.098.1
S100A3433168TCTCCCACAC0.02.8
S100A481256ATGTGTAACG0.0207.8
S100A6275243CCCCCTGGAT245.9865.9
S100A7112408GAGCAGCGCC0.0143.8
S100A8416073TACCTGCAGA0.0549.2
S100A9112405GTGGCCACGG0.0637.0
S100A10143873AGCAGATCAG263.61890.5
S100A1219413GATTTTTAAA0.013.9
S100A16515714AGCAGGAGCA0.0130.6
表6 虚拟电子杂交分析S100基因在胃癌和正常胃组织中的表达水平
基因EST标签(tpm1)
SAGE标签(tpm1)
正常组织癌组织正常组织癌组织
S100A20.025.90.0200.5
S100A30.00.00.00.0
S100A452.3293.70.0168.4
S100A70.00.00.0304.8
S100A90.08.60.01339.4
S100A100.0181.4272.31483.7
S100A120.00.00.00.0
S100A130.043.20.00.0
表7 虚拟微阵列分析S100基因在胃癌和正常胃组织中的表达水平
基因GSE3438
GSE2669
GSE2701
正常组织1癌组织1P正常组织1癌组织1P正常组织1癌组织1P
S100A2-0.220.000.001.031.350.01-0.95-0.360.00
S100A3---0.841.550.03-0.140.050.03
S100A4-0.230.300.00------
S100A6-0.430.270.00------
S100A7-------1.00-0.350.00
S100A8---0.320.690.010.660.700.81
S100A9---1.253.480.000.420.790.13
S100A10-0.500.420.000.461.360.000.191.220.00
S100A12------0.500.210.01

引文著录: 刘骥, 李雪, 李纪鹏, 王为忠. 联合多种高通量表达谱数据库挖掘胃癌S100基因的差异表达. 世界华人消化杂志 2015; 23(14): 2208-2214