中国人群乙型肝炎病毒基因分型不同方法和标准的比较

doi:10.11569/wcjd.v22.i16.2306

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出版物名称

世界华人消化杂志

ISSN

1009-3079

本文章的出版商

Baishideng Publishing Group Inc, 7041 Koll Center Parkway, Suite 160, Pleasanton, CA 94566, USA

临床经验

世界华人消化杂志. 2014-06-08; 22(16): 2306-2316
在线出版 2014-06-08. doi: 10.11569/wcjd.v22.i16.2306

表1 乙型肝炎病毒分型限制酶的选择

HBV基因型	HBV亚型	酶切片段大小(bp)
HBV基因型	HBV亚型	BsrⅠ	StyⅠ	DpnⅠ	HpaⅡ
B	B1	126, 459	585	289, 296	585
	B2	126, 184, 275	585	289, 296	585
C	C1	585	253, 332	585	585
	C2	585	585	585	585
D	D1	585	585	289, 296	585
	D2	585	585	585	585
	D3	300, 285	585	585	585

HBV: 乙型肝炎病毒.

表2 NCBI数据库中HBV-B、C、D各亚型的全基因组ID号

基因型	全基因组ID号
B1(5)	AB602818; AB642091; AB642093; AB642098; AB642101
B2(9)	GQ924653; GQ924610; GQ924608; GQ924603; GQ377569; GQ377558; GQ377547; AB642094; AB555498
B3(10)	GQ358136; GQ924617; GQ924621; GQ924625; GQ924628; GQ924637; GQ924638; GQ924639; GQ924654; GQ924656
B4(7)	AB368295; FJ023632; FJ023633; FJ023634; FJ023635; FJ023636; GQ924626
B6(7)	AB287314; AB287316; AB287318; AB287320; AB287323; DQ463787; DQ463789
B7(13)	AP011088; AP011090; AP011091; AP011092; EF473976; EF473977; GQ358137; GQ358138; GQ358139; GQ358140; GQ358141; GQ358142; GQ358143
C1(15)	GQ377536; GQ924604; GQ924609; GQ924612; GQ924613; GQ924615; GQ924616; GQ924618; GQ924629; GQ924636; GQ924642; GQ924643; GQ924649; GQ924650; GQ924655
C2(42)	EU939538; EU939540; EU939616; EU939652: FJ386575; FJ386576; FJ386587; FJ386588; Fj386609; FJ386639; FJ562218; Fj562232; FJ562233; FJ562244; FJ562282; FJ562318; FJ562332; FJ787464; FJ787465; FJ899761; GQ377514; GQ377517; GQ377523; GQ377527; GQ377528; GQ377531; GQ377533; GQ377535; GQ377540; GQ377551; GQ377553; GQ377554; GQ377559; GQ377563; GQ377572; GQ377576; GQ377598; GQ377600; GQ377611; GQ377616; GQ377617; GQ924633
C3(4)	FJ621762; FJ622627; X75656; X75665
C4(2)	AB048704; AB048705
C5(12)	AB241110; AB241111; AB241113; EU410079; EU410080; EU410081; GQ924620; GQ924622; GQ924657; AP011099; AP011100; AP011101
C6(4)	AB554014; AB554021; AP011102; AP011103
C11(2)	AB554019; AB554020
C12(4)	AB554018; AB554025; AB560661; AB560662
D1(11)	AF280817; EU594396; EU594397; FJ904443; GQ377589; GU456648; JF754591; JF754596; JF754601; JF754624; JF754628
D2(29)	AB330370; EU594399; EU594400; EU594401; EU594402; EU594403; EU594405; EU594406; EU594407; EU594408; EU594409; EU594410; EU594415; EU594416; EU594421; EU594422; EU594423; EU594424; EU594425; EU594426; EU594427; EU594428; EU594430; EU594431; EU594432; EU594433; GU456635; JF754597; JF754621
D3(13)	AB583679; DQ315776; EU594382; EU594434; EU594435; EU594436; FJ692506; FJ692507; GQ922001; GQ922002; HQ236014; HQ236015; HQ236016
D4(6)	FJ692532; FJ692533; FJ692536; GQ922003; GQ922004; GQ922005
D5(9)	GQ205377; GQ205378; GQ205379; GQ205380; GQ205382; GQ205384; GQ205385; GQ205387; GQ205389
D7(16)	FJ904447; FJ904441; FJ904440; FJ904438; FJ904435; FJ904433; FJ904419; FJ904413; FJ904408; FJ904407; FJ904406; FJ904404; FJ904403; FJ904398; FJ904396; FJ904394;
NCBI标准型	B: AF100309; D00329; AB033554
	C: AB014381; M12906; X04615
	D: X65259; M32138; X85254
	G: AF160501; AF405706; AB064310

HBV: 乙型肝炎病毒.

表3 HBV分型不同方法的结果比较

病例号	PCR-RFLP	型特异PCR	改良型特异	S-DNA测序	S-Ag氨基酸	血清型	分型结果比较
2	C2或D2	C	B或C	C2	C	adr	酶切不确定, PCR定C型, 测序定C2型, 氨基酸序列定C型; 大型一致
3	C2或D2	C	B或C	C	C	adr	酶切不确定, PCR, S-DNA测序及氨基酸序列均仅定C型; 大型一致
4	C2或D2	C	-	C5	C5¹	adw	酶切和PCR定C型, S-DNA测序及氨基酸序列均定C5型; 大型一致
5	C2或D2	C	B或C	C2	C	adr	酶切不确定, PCR定C型, 测序定C2型, 氨基酸序列定C型; 大型一致
6	C2或D2	C	-	C2	C	adr	酶切不确定, PCR定C型, 测序定C2型, 氨基酸序列定C型; 大型一致
7	C2或D2	C	B或C	C2	C	adr	酶切不确定, PCR定C型, 测序定C2型, 氨基酸序列定C型; 大型一致
8	C2或D2	C	B或C	C5	C5¹	adw	酶切不确定, PCR定C型, DNA测序及氨基酸序列均定C5型; 大型一致
9	C2或D2	C2或D2	-	G	突变(缺失)	adN²	酶切和PCR不确定, 测序定G型, 氨基酸序列突变, S缺失; 分型错误
10	C2或D2	C	B或C	C1	C	adr	酶切不确定, PCR定C型, 测序定C1型, 氨基酸序列定C型; 大型一致
12	C2或D2	C	-	C2	C	adr	酶切不确定, PCR定C型, 测序定C2型, 氨基酸序列定C型; 大型一致
13	C2或D2	C	B或C	C2	C	adr	酶切不确定, PCR定C型, 测序定C2型, 氨基酸序列定C型; 大型一致
15	C2或D2	C2或D2	D	D3	D	ayw	酶切不确定, PCR定D型, 测序定D3型, 氨基酸序列定D型; 大型一致
16	C2或D2	C	B或C	D	D	adw	酶切不确定, PCR定C型, 测序及氨基酸序列仅定D型; 测序大型一致
156	B1	-	B	B2	B	adw	酶切定B1型, PCR定B型, 测序定B2型, 氨基酸序列定B型; 大型一致
211	C1	-	C	C1	突变(缺失)	ayD²	酶切和测序定C1型, PCR定C型, 氨基酸序列突变, S缺失; 分型错误
268	B1	-	B	B2	B	adw	酶切定B1型, PCR定B型, 测序定B2型, 氨基酸序列定B型; 大型一致
308	B1	-	B	B2	B	adw	酶切定B1型, 测序定B2型, 氨基酸序列定B型; 大型一致
441	D3	-	-	B2	B	adw	酶切定D3型, 测序定B2型, 氨基酸序列定B型; 测序大型一致
518	D3	-	-	G	G	adw	酶切定D3型, 测序和氨基酸序列定G型; 测序大型一致
786	B1	-	B	B2	B	adw	酶切定B1型, PCR定B型, 测序定B2型, 氨基酸序列定B型; 大型一致
802	C1	-	C	C2	突变(缺失)	ED²	酶切定C1型, PCR定C型, 测序定C2型, 氨基酸序列突变, S缺失; 分型错误
836	D3	-	-	C2	C	adr	酶切定D3型, 测序定C2型, 氨基酸序列定C型; 测序大型一致
840	C1	-	C	C2	C	adr	酶切定C1型, PCR定C型, 测序定C2型, 氨基酸序列定C型; 大型一致
865	C1	-	-	C5	C5¹	adw	酶切定C1型, S-DNA测序及氨基酸序列均定C5型; 大型一致
906	D3	-	B或C	G	G	adw	酶切定D3型, PCR不确定, 测序和氨基酸序列定G型; 测序大型一致
918	B1	-	B或C	B2	突变(缺失)	AV²	酶切定B1型, PCR不确定, 测序定B2型, 氨基酸序列突变, S缺失; 分型错误
931	B1	-	B或C	B2	B	adw	酶切定B1型, PCR不确定, 测序定B2型, 氨基酸序列定B型; 大型一致
1093	C1	-	-	C5	C5¹	adw	酶切定C1型, S-DNA测序及氨基酸序列均定C5型; 大型一致
1129	C1	-	-	C2	C	ayr	酶切定C1型, 测序定C2型, 氨基酸序列仅定C型; 大型一致
1229	B2	-	-	B2	B	ayr	酶切定B2型, 测序定B2型, 氨基酸序列仅定B型; 大型一致

HBV: 乙型肝炎病毒. - : 未做;

¹按基因分型标示的C5但却分到D大型组中;

²因S基因的点突变致S-Ag缺失, 无法确定血清型.

表4 HBV DNA突变序列推测S-Ag氨基酸序列¹

病例号	性别	籍贯	民族	基因型	S-Ag氨基酸序列	碱基缺失
802	男	吉林	朝鲜族	C1	MRAQHQDS-DPCSCYRRGFSC-	ATG(缺失G)AGAGCACAACATCAGGATTCC TAG
211	女	广西	壮族	C1	MESTHQDS-DPCSCYRRGFSC-	ATGGAGAGCACA(缺失A)CATCAGGATTCC TAG
9	男	广西	瑶族	G	METSHQDSSDPCSCYRRGFSC-	ATGGAG(缺失A)
						ACATCACATCAGGATTCCTCGGACCCCTGCTCGTGTTACAGGCGGGGTTTTTCTTGT TGA
918	男	广西	汉族	B1	MENLASGTPRTPARVTGGGFSC-	ATGGAGAACCTCGCATCAGGAA(插入A)
						CTCCTAGAACCCCTGCTCGTGTTACAGGCGGGGGTTTTTCTTGT TGA

¹仅列出S-Ag基因终止码突变(下划线碱基)样品N端的前22个氨基酸及对因DNA序列. HBV: 乙型肝炎病毒.

引文著录: 李可可, 刘莹, 姚品芳, 陈真, 王红, 李劲. 中国人群乙型肝炎病毒基因分型不同方法和标准的比较. 世界华人消化杂志 2014; 22(16): 2306-2316