基因富集及Meta分析对影响肝癌发生发展关键基因的筛选

表1 5套全基因组数据集的基本情况

类别	作者	芯片平台	实验设计	探针数	来源	样本(n)	对照(n)
GSE19665	Deng等[6]	u133Plus2.0	paired, tissues	54 000	homo sapiens	10	10
GSE9809	Liao等[7]	mouse430_2	unpaired+paired, tissues	45 000	mus musculus	3	7
GSE9012	Khetchoumian等[8]	mouse430_2	unpaired, tissues	45 000	mus musculus	5	5
GSE19004	Viatour等[9]	mouse430_2	unpaired, tissues	45 000	mus musculus	5	4
GSE2127	Sheth等[10]	mouse430a	paired, tissues	22 000	mus musculus	9	6

Paried: 对hcc组的对照来自hcc本体; unparied: 对hcc组的对照来自其他正常群体.

表2 对5套数据集Meta分析差显基因分布

基因	P值	基因	P值	基因	P值	基因	P值
ABI3BP	3.23E-06	UBE2C	3.18E-05	FOXM1	6.58E-05	rrm2	2.74E-05
CCNB1	5.37E-06	mcm2	4.07E-05	BIRC5	7.18E-05	Ttc36	3.06E-05
NEK2	7.66E-06	ASPM	4.29E-05	STMN1	7.74E-05	Hist1h2ad	5.71E-05
MKI67	1.35E-05	NCAPH	5.23E-05	racgap1	7.84E-05	TOP2A	5.91E-05
cdc20	2.46E-05	TUBA1B	5.23E-05	Hist1h2ag	7.94E-05	Hist1h2ai	7.94E-05
angptl6	2.47E-05	CCNB2	5.45E-05	Hist1h2ah	7.94E-05	CDCA5	9.89E-05

表3 对5套数据集Meta分析存在于细胞周期通路里的差显基因分布

基因	χ2值	P值	基因	χ2值	P值	基因	χ2值	P值
CCNB2	46.94	9.67E-07	MCM4	46.94	0.0030	CDC25A	29.98	0.0009
mcm2	36.51	6.89E-05	cdc20	36.51	0.0065	Mad2l1	29.43	0.0011
YWHAB	35.63	9.74E-05	smc3	35.63	0.0067	MCM7	28.57	0.0015
CCNA2	33.83	0.0002	pcnA	33.83	0.0079	CCNE1	28.21	0.0017
CDKN2C	32.60	0.0003	RAD21	32.60	0.0090	TGFB1	30.15	0.0127
Cdk1	32.24	0.0004	CDKN1A	32.24	0.0096	YWHAZ	29.98	0.0206
MCM6	32.07	0.0004	CCND1	32.07	0.0108	YWHAG	29.43	0.0208
cdkn2b	30.15	0.0008	SMAD3	30.15	0.0116	YWHAH	28.57	0.0252
CCNB1	30.15	0.0008