中国幽门螺杆菌强细胞毒株和弱细胞毒株vacA基因全长序列特征与VacA活性的关系

表1 幽门螺杆菌菌株vacA基因型及其DNA和氨基酸序列来源

菌株名称	细胞毒性	菌株来源	基因型	GenBank登记号	文献来源
J128(95-54)	无	意大利	s1/m2	U95971; AAC25911	[14]
Tx30a	无	美国	s2/m2	U29401; AAA86834	[8]
CHN1811a	无	中国	s1/m2	AF050326; AAF26508	[15,16]
CHN5147c	弱	中国	s1/m2	AF050320; AAF26502	[15,16]
CHN5114a	弱	中国	s1/m2	AF050327; AAF26509	[15,16]
CHN3295b	弱	中国	s1/m2	AF050319; AAF26501	[15,16]
CHN5060d	高	中国	s1/m1	AF050328; AAF26510	[15,16]
CHN5038c	高	中国	s1/m1	AF361702; AAL83505	[16,17]
CHN4611a	高	中国	s1/m1	AF361701; AAL83504	[16,17]
CHN3554a	高	中国	s1/m1	AF361700; AAL83503	[16,17]
60190	高	英国	s1/m1	U05676; AAA17657	[18]
NCTC 11637	高	澳大利亚	s1/m1	AF049653; AAD04290	[7]
185-44	高	德国	s1/m1	Z26883; CAA81528	[19]

表2 中国幽门螺杆菌 强、弱细胞毒株和60190株vacA基因DNA和氨基酸序列相似性比对 (%)

	高细胞毒株		弱细胞毒株		60190株
	氨基酸序列相似性平均值	DNA序列相似性平均值	氨基酸序列相似性平均值	DNA序列相似性平均值	氨基酸序列相似性平均值	DNA序列相似性平均值
高细胞毒株	95.16	94.45		88.37		89.01
弱细胞毒株	84.98		96.01	95.93		85.47
60190株	88.45		82.09		100	100

表3 中国幽门螺杆菌强、弱细胞毒株和60190株vacA基因各类氨基酸数量及其占总氨基酸的比例

	TA	SBA	SAA	HA	PMA
60190株	1287	113	97	439	453
		0.0878	0.0754	0.3411	0.3520
高细胞毒株	1294	118	99	451	441
		0.0910a	0.0761	0.3489b	0.3411a
弱细胞毒株	1326	122	104	459	445
		0.0922a	0.0783b	0.3461b	0.3359b

TA: 氨基酸总数; SBA: 强碱性氨基酸数量及所占比例(K, R); SAA: 强酸性氨基酸数量及所占比例(D, E); HA: 疏水性氨基酸数量及所占比例(A, I, L, F, W, V); PMA: 极性中性氨基酸数量及所占比例(N, C, Q, S, T, Y).

^aP<0.01,

^bP<0.001.

表4 中国幽门螺杆菌 强、弱细胞毒株和60190株vacA基因不同结构域氨基酸序列对比分析

比较类型结构域	SP		p33		p55		SAP		BBD
	T	A	T	A	T	A	T	A	T	A
中国分离株对60190株	1	0	10	7	43+1m	25+7n	6+1m	5+1n	16	12
弱细胞毒株对60190株	1	0	16	9+1n	147+7m	90+8n	9+1m	6+2n	21	14+2n
高细胞毒株对60190株	3	1	12	8+1n	67+1m	42+2n	8+1m	6+1n	18	12
高细胞毒株对弱细胞毒株	2	1	7	4+1n	139+7m	83+10n	7	1+3n	6	2+2n

T: 变异位点总数; A: 存在氨基酸残基极性差异的变异位点数;

ⁿ组内存在氨基酸极性差异的变异位点数;

^m插入/缺失位点数.