乙、丙型肝炎病毒基因联合诊断芯片的研制及应用

表1 用于不同检测目的的探针序列

No	Sequence(5'-3')		Tm	GC%	Target
1	ATA AAG CCT CTC GGT GA		47.4	47	1 a
2	CAC CGG CGA TAA CC		46.2	64	1 b
3	GCA CCG GCG GTA GC	Length	46.8	79	1 b
4	GAT GTA GCA GGT GAG AGT G	17	47	53	1 c
5	GAG AGT GTT ACC GCA GC	14	47.9	59	1 c
6	CAG CGA GTG TAT GGC A	16	47.8	56	2 a
7	TGT AAC CGC AGG ATT G	16	46.8	50	2 b
8	TGC CCT TTG CTG TTT	1 5	46.2	47	2 c
9	CGC AGT AAA GCC GC	14	47.6	64	3 a
10	GTC TTT GAG ACC CGC G	16	48.1	63.5	3 b
11	GGG CAG TAA TAA CCT T	16	47.7	43.75	4 a
12	GCG TTG GGT GAG TGA C	16	48.1	64	5年
13	CAG TCC TTG ATG TTG GC	17	48.1	53	6 a
14	CGA TAG CCG CAG TTT TG	17	47.6	53	1 b
15	CGA TAG CCG CAG TTC TG	17	48.3	62.5	1 b
16	AGG TGA AGC GAA GTG C	16	47.9	56	HBV
17	GTT CCG CAG ACC ACT AT	17	47.1	53	HCV
18	AT CAT CCA CAT AAC TGA	17	43.2	35	YVDD
19	ACA TCA TCA ATA TAA CT	17	38.3	24	YIDD
20	CAT CAT CCA TAT AAC TGA	18	45.5	33	YMDD

表2 HBV, HCV基因相关引物

Name	Polarity	Position	Sequence(5'-3')
PBS	+	1 526	CGCACCTCTCTTTACGC
PBA	-	1 795	ATTTATGCCTACAGCCTCC
P1	-	320	ATACTCGAGGTGCACGGTCTACGAGACC
P2	-	310	CACTCTCGAGCACCCTATCAGGCAGT
P3	+	33	CTGTGAGGA ACTACTGTCTT
P4	+	60	TTCACGCAGAAAGCGTCTAG
S1	+	8 199	GTSAAYRCCTGG AAA TCAAAGAA
S2	+	8 229	ATGGGSTTYKCRTATGACACC
A1	-	8 557	CAGATAACGACAAGGTCGTCTC
A2	-	8 624	GTACCT AGTCATAGCCTCCGTG
YS	+	673	AGT GCM ATTTGTTCAGTG
YA	-	1 105	CCTTGTAAGTTGGCGA

Y = C, T; K = T, G; R = A, G; S = C, G; M = A, C.

表3 基因芯片和荧光定量检测HBV DNA的比较

芯片法	定量法		合计
	阳性	阴性
阳性	20	0	20
阴性	0	10	10
合计	20	10	30

表4 基因芯片和荧光定量检测HCV RNA的比较

芯片法	定量法		合计
	阳性	阴性
阳性	20	0	20
阴性	0	10	10
合计	20	10	30

表5 芯片法和测序法检测HBV YMDD变异株的结果比较

芯片法	测序法						合计
	YMDD	YVDD	YIDD	V+I	M+V+I	其他
YMDD	3	0	0	0	0	0	3
YVDD	0	10	0	0	0	0	10
YIDD	0	0	2	0	0	0	2
V+I	0	2	1	0	0	0	3
M+V+I	1	0	0	0	0	0	1
未检出	0	0	0	0	0	1	1
合计	4	12	3	0	0	1	20

表6 芯片法和测序法检测HCV基因型的结果比较

芯片法	测序法
	1 b	1 b＋3 b	1 c	未检出	合计
1 b	11	0	0	0	11
1 b＋3 b	1	0	0	0	1
1 c	2	0	0	0	2
未检出	2	0	0	0	2
合计	16	0	0	0	16